Почему используется плоская структура директорий вместо вложенной?

Отвечает Stig Bakken.

В CVS код проекта PEAR разделяется на пакеты, иерархия пакетов отражается лишь на том, где будет установлен пакет в процессе инсталляции. Например, если вы хотите использовать класс XML_RPC, то вам следует включить в ваш код файл "XML/RPC.php". Будет логично, если этот файл будет доступен в CVS как pear/XML/RPC.php , но это как раз не тот случай. XML_RPC - это независимый пакет, который находится в своей собственной ветви CVS, поэтому файл RPC.php на самом деле находится в CVS по адресу pear/XML_RPC/RPC.php. Файл описания пакета (package.xml) используется для того, чтобы определить конечный путь установки пакета.

Такая организация дерева CVS позволяет значительно упростить управление пакетами.