A PEAR első elemei a pear-core/ (korábban php-src/pear/) könyvtárban voltak
tárolva, így szállításra kerültek minden egyes PHP disztribúcióval.
A PEAR jelenlegi változatainál ez már nem működik, mivel a PEAR
túl nagy ahhoz, hogy minden PHP disztribúcióba bekerüljön. Ezért
az a döntés született, hogy minden elemet egy pear/ nevű
felsőszintű könyvtárban helyezünk el. A többi elem, ami a
php-src/pear könyvtárban van, hamarosan átkerül majd ebbe a
könyvtárba. Csak a PFC kód
és a PEAR csomagmenedzser kódja kerül majd szállításra minden
új disztribúcióval automatikusan.
