A választ Stig Bakken írta.
A CVS-ben a PEAR kódja csomagonként van tárolva, ahelyett, hogy
ugyanolyan hierarchiában lenne, amilyenben telepítésre kerül majd.
Például, ha az XML_RPC osztályt használni kívánjuk, az "XML/RPC.php"
fájlt kell include-olni. Könnyen azt gondolhatjuk, hogy a CVS-ben
is ugyanebben a struktúrában helyezkedik el, ám ez nem így van. Az
XML_RPC egy független csomag a saját könyvtárával a CVS-ben, ebben
az esetben az RPC.php a pear/XML_RPC/RPC.php elérési útvonalon található
meg. A csomag leírófájlja (package.xml) határozza meg, hogy a fájlok
végül hova kerülnek installálásra.
A CVS-ben azért ilyen struktúrában vannak tárolva a fájlok, mert
ez leegyszerűsíti a csomagok adminisztrációját.